W 1939 został zwolniony z Zakonu Kapucynów OFMCap i został inkardynowany w rzymskokatolickiej archidiecezji lwowskiej.

W 7 dni po niemieckim ataku 01.09.1939 na Polskę — Rosjanie zaatakowali Polskę 17 dni później — i rozpoczęciu II wojny światowej, został wikariuszem w Zimnej Wodzie, ok. 10 km na zachód od centrum Lwowa. Już 5 dni później do Zimnej Wody wtargnęły zmotoryzowane odddziały czołówki niemieckiej armii i rozpoczęły atak na Lwów. Po rosyjskim ataku na Polskę Rosjanie podeszli pod Lwów dwa dni później, 19.09.1939, i miasto znalazło się w okrążeniu. 20.09.1939 Niemcy rozpoczęli odwrót i przekazywanie swoich pozycji Rosjanom. Lwów i okolice — w rezultacie ludobójczej umowy niemiecko–rosyjskiej z 23.08.1939, zwanej paktem Ribbentrop–Mołotow, potwierdzonej 28.09.1939 tzw. „Traktatem o granicach i przyjaźni Niemcy–Rosja”, zwanym też 2. paktem Ribbentrop–Mołotow, która stanowiła podstawę ataku niemiecko–rosyjskiego na Polskę — miały stać się łupem Rosjan. Lwów padł 22.09.1939 i wówczas też rozpoczęła się rosyjska okupacja Zimnej Wody.

Rosjanie represjom poddali szczególnie Polaków — we wsi Zimna Woda Polacy stanowili ok. 88% większość, a do parafii należało w 1938 należało 4,894 wiernych — dokonując aresztowań polskiej inteligencji, nauczycieli, lekarzy, ziemian, urzędników państwowych, leśników, policjantów, a także rodzin polskich wojskowych. Wiadomo o conajmniej jednym polskim policjancie, Michale Pachołku, który został aresztowany przez rosyjskiej ludobójcze NKWD i zamordowany w Twerze, w ramach tzw. ludobójstwa katyńskiego. Wielu innych Polaków — także z Zimnej Wody — stało się ofiarami czterech wielkich fal deportacji „na Syberię”. W relacjach często pojawia się informacja, iż „przychodzili nocą, bez uprzedzenia i zabierali całe rodziny, od niemowląt po staruszków”. „Gdy wyszliśmy na podwórze matce pozwolili zajrzeć do skrzyni — była niestety pusta, bo nasi sąsiedzi zdążyli ją już opróżnić. Praktycznie nie zabraliśmy niczego, bo nie pozwolili nam poruszać się po domu […] Były wtedy duże zaspy i silny mróz”. Tylko w pierwszej wielkiej deportacji, ok.10.02.1940 wywieziono „na Syberię” ok. 140,000 Polaków, w tym 15 polskich rodzin z jego Bieniawy. Ponadto 150,000‐200,000 mężczyzn wcielono do armii rosyjskiej, a ok. 100,000 zmuszono do pracy na rzecz przemysłu rosyjskiego, głównie w kopalniach Zagłębia Donieckiego, w zakładach przemysłu ciężkiego na Uralu i na Syberii. Wiadomo, że prawd. w 1939 w Zimnej Wodzie funkcjonował obóz pracy przymusowej dla jeńców wojennych, którego więźniowie niewolniczo pracowali przy szosie Lwów–Przemyśl. Jak relacjonował jeden ze świadków, stosunek Rosjan do Polaków był „bardzo wrogi. Nazywali nas polskimi panami, że my, Polacy, oraliśmy Ukraińcami, chłopem, robotnikiem. Siali propagandę komunistyczną, że nigdzie nie jest tak dobrze jak u Sowietów, terrorem zmuszali do przejścia na ich stronę, w przeciwnym razie nie zwolnią do domu. Siali błędne informacje, że w Polska już nie powstanie, a oni zawojują świat”. „Pomoc lekarska nie istniała”. Następnie rozpoczęła się inwigilacja księży i zakonników. Na duchowieństwo nałożono wysokie podatki, usunięto nauczanie religii ze szkół.

Po niemieckim ataku 22.06.1941 na uprzedniego sojusznika, Rosjan, po rozpoczęciu okupacji niemieckiej, został w 05.1942 administratorem parafii Markowa, ok. 15 km na południe od Podhajec i ok. 60 km od Tarnopola, nad rzeką Złota Lipa. W 1939 w wiosce Markowa, wówczas w polskim pow. Podhajce woj. tarnopolskiego, mieszkało szacunkowo ok. 1,400 osób, z czego rzymskokatoliccy Polacy i greckokatoliccy Ukraińcy stanowili po ok. 48%. Poza tym w wiosce żyło kilkoro Żydów, a w 1938 do parafii rzymskokatolickiej należało 1,307 wiernych.

Markowa znalazła się w niem. Kreishauptmannschaft Brzeżany (pl. powiat Brzeżany), wchodzącego w skład niem. Distrikt Galizien (pl. Dystrykt Galicja), części rozszerzonego na Galicję okupowanego i zarządzanego przez Niemców quasi‐państwa, zwanego niem. Generalgouvernement (pl. Generalne Gubernatorstwo), i.e. GG, rozszerzonego o Galicję Wschodnią.

Przybył do parafii kilka miesięcy po rozpoczęciu przez Niemców realizacji ludobójczego planu niem. «Endlösung der Judenfrage» (pl. Ostateczne rozwiązanie kwestii żydowskiej), który w GG nosił kryptonim niem. «Aktion Reinhardt» (pl. Akcja Reinhardt). Lokalnym centrum żydowskiej społeczności były powiatowe Podhajce, gdzie w 1939 mogło żyć ok. 3,400 Żydów, i.e. ok. 55% mieszkańców. Tam już w 07.1941 Niemcy powołali — zgodnie z obowiązującymi w GG niemieckimi rozporządzeniami — niem. Judenrat (pl. Rada Żydowska), odpowiedzialną za społeczność żydowską, mającą do pomocy powołaną przez siebie niem. Jüdischer Ordnungsdienst (pl. Żydowska Służba Porządkowa). Potem de facto zabronili Żydom opuszczania miasteczka bez pozwolenia, bowiem od 25.10.1941 zaczął obowiązywać dekret niem. Generalgouverneur (pl. Generalny Gubernator) GG, Hansa Franka, zgodnie z którym „Żydzi, którzy bez upoważnienia opuszczają wyznaczoną im dzielnicę, podlegają karze śmierci. Tej samej karze podlegają osoby, które takim Żydom świadomie dają kryjówkę”, oraz „Podżegacze i pomocnicy podlegają tej samej karze jak sprawca, czyn usiłowany karany będzie jak czyn dokonany. W lżejszych wypadkach można orzec ciężkie więzienie lub więzienie”. 21.09.1942 Niemcy, ze wsparciem ukraińskiej, kolaboracyjnej niem. Ukrainische Hilfspolizei (pl. Ukraińska Policja Pomocnicza), działającej też jako niem. Schutzmannschaft (pl. Bataliony ochrony), i.e. Schuma — która brać udział miała we wszystkich takich niem. Aktion (pl. akcja) — a także niem. Jüdischer Ordnungsdienst, zagnali na stację kolejową ok. 1,000 Żydów, skąd wywieziono ich na śmierć, do niem. Vernichtungslager (pl. obóz zagłady) VL Belzec. Przy okazji ok. 50 Żydów zamordowano na cmentarzu żydowskim. Zaraz potem formalnie utworzono w Podhajcach getto, początkowo o charakterze „otwartym”, bez ograniczającego płotu. 30.10.1942 miała miejsce druga niem. Aktion. Do VL Belzec wywieziono ponad 1,200 Żydów, a kilkudziesięciu zamordowano podczas zagonu. W tym samym mniej więcej okresie do getta przygnano Żydów z otaczających wsi, w tym prawd. z Markowej, a w 12.1942 getto — ok. 2,500 osób — „zamknięto”, i.e. otoczono drewnianym płotem, zwieńczonym drutem kolczastym. 12.04.1943 ok. 40‐50 chorych Żydów zamordowano na cmentarzu żydowskim. Likwidacja getta nastąpiła 06.06.1943. Niemcy i niem. Ukrainische Hilfspolizei zamordowali wówczas ok. 1,070 Żydów w dwóch rowach wykopanych w części Podhajec zwanej Starym Miastem. 08.06.1943 zdołano wyciągnąć z ukrycia ok. 750 Żydów, obiecując im przeniesienie do Tarnopola. Wszystkich wyprowadzono poza miasteczko i w pobliżu oddalonej o ok. 2 km wioski Zahajce Niemcy i Ukraińcy dokonali ich mordu. W ciągu następnych kilku miesięcy Niemcy i niem. Ukrainische Hilfspolizei systematycznie przeszukiwali getto polując na Żydów. Ok. 300 schwytanych zamordowano na cmentarzu żydowskim. Władze niemieckie mogły zadeklarować, że Podhajce i okolice były niem. „Judenfrei” (pl. „wolne od Żydów”).

Udzielał pomocy i ukrywał kilku Żydów. M.in. latem 1943 pojawili się w Markowej Żydzi, którym udało się ukryć poza gettami i w ten sposób uniknąć śmierci. W szczególności udzielił pomocy niejakiej Ewie Trauenstein‐Turzyńskiej i jej 2‐letniemu synowi Leonowi z Rozwadowa k. Lwowa. Wiedział, co mu groziło. W GG obowiązywał wszak wspomniany dekret z 25.10.1941, a od 10.11.1942, w niem. Distrikt Galizien, także obostrzenie, prawd. identyczne w brzmieniu jak wydane kilka dni wcześniej ogłoszenie dla niem. Distrikt Warschau (pl. dystrykt Warszawa), w którym w §3 p. 2 i 3 Niemcy informowali, że „[karze śmierci] podlega ten, kto […] żydowi świadomie udziela schronienia, tzn. kto w szczególności umieszcza żyda poza obrębem żydowskiej dzielnicy mieszkaniowej, żywi go lub ukrywa. Wobec tego, kto uzyska wiadomość o tym, że jakiś żyd bezprawnie przebywa poza obrębem żydowskiej dzielnicy mieszkaniowej, a nie zgłosi tego policji, zastosowane będą policyjne środki bezpieczeństwa (np. umieszczenie w obozie koncentracyjnym)”. Miał wówczas powiedzieć ukrywanej kobiecie: „Wiem, że grozi mi śmierć — ale jestem wysłannikiem Boga i nie zaznałbym spokoju, gdybym pani odmówił u mnie schronienia”. Ukrywaną Żydówkę przedstawił swej owczarni jako „żonę swego zamordowanego przyjaciela porucznika, który "zginął podczas wojny" […] a jej syn, Leon, przedstawiony został jako brat jej "zamordowanego brata", został ochrzczony i […] zajmował dla bezpieczeństwa miejsca w pierwszych ławkach podczas nabożeństw”. W 2014 Instytut Pamięci Męczenników i Bohaterów Holokaustu Jad Waszem w Jerozolimie uhonorował go za to tytułem „Sprawiedliwy wśród Narodów Świata”. Nie jest zresztą jedyną osobą z Markowej, która pomagała Żydom. W tej niewielkiej wiosce, w której wszyscy wiedzieli o sobie wszystko, Żydów przechowywała także polska rodzina Rafalskich — Paweł i Aniela oraz ich córki Maria i Bronisława — którzy w 1990 zostali również uhonorowani tytułami „Sprawiedliwych wśród Narodów Świata”.

W tym samym czasie, i.e. w 02.1943, w oddalonym o ok. 150 km na północ Wołyniu, Roman Szuchewycz ps. „Taras Czuprynka”, komendant ukraińskiej, ludobójczej organizacji OUN/UPA, który w 1941 był członkiem ukraińskiej niem. Sondergruppe Nachtigall (pl. Grupa Specjalna Słowik) — jednostki niem. Wehrmacht (pl. Siły Zbrojne) biorącej udział w niemieckim ataku na Rosjan w 1941, oskarżanej o uczestnictwo w pogromie Żydów we Lwowie w 1941 — a później członkiem niem. Schutzmannschaftsbataillon 201 (pl. 201. Batalion Zespołu ochrony) — odpowiedzialnego za mordy Żydów i ludności cywilnej na terytorium Białorusi — wydał rozkaz: „Akcję wytępienia [Polaków] przeprowadzić należy na zasadach następujących: Wsie polskie mają być palone, ich zaś ludność wycinana w pień. Napady na miasta nastąpią w biały dzień, nie zaś w nocy. We wsiach mieszanych należy likwidować samą ludność polską, zagrody natomiast palić tylko w takich wypadkach, jeśli są one o 15 metrów i gdy w ogóle nie grozi przerzucenie się ognia na sąsiednie budynki ukraińskie. Ludność ukraińska otrzyma wskazówki co do miejsca, gdzie ma się zgrupować w czasie trwania napadu […] Za każdego Ukraińca zamordowanego czy to przez Polaków, czy też Niemców stracić 100 (stu) Polaków”.

Był to de facto sygnał do rozpoczęcia «Genocidium Atrox» — i.e. ludobójstwa popełnionego przez Ukraińców na Polakach, zwanego „wołyńskim”.

Zaraz potem, w 03.1943 UPA wydało apel skierowany do członków kolaboracyjnej niem. Ukrainische Hilfspolizei o dezercję i wstępowanie w szeregi UPA. Być może nawet 10,000 Ukraińców tak uczyniło.

Wołyń spłynął polską krwią. Dziesiątki tysięcy Polaków zostało przez Ukraińców zamordowanych — przy bierności Niemców — w niezwykle barbarzyński sposób. Setki wsi spłonęły.

Choć rozkaz Szuchewycza formalnie nie był skierowany do oddziałów niem. Ukrainische Hilfspolizei w niem. Distrikt Galizien — tam bowiem w 1943 ludobójcza OUN nie powołała zbrojnego ramienia pod nazwą UPA, ale formowała oddziały zbrojne pod eufemistyczną nazwą, dla „zmylenia” Niemców, ukr. Українська Народна Самооборона (pl. Ukraińska Narodowa Samoobrona), i.e. UNS — ale de facto również i tam ludobójcy ukraińscy, „bezrobotni” po zakończeniu niem. «Aktion Reinhardt», dezerterowali i wstępowali do UNS. Ale w 12.1943 — gdy stało się jasne, że Niemcy wojnę na wschodzie przegrywają, i.a. 24.12.1943 rozpoczęła się wielka ofensywa rosyjska zwana operacją dnieprowsko–karpacką — UNS został formalnie przekształcony w jednostkę ludobójczej OUN/UPA „UPA‐Zachód”. W 01.1944 jego dowódcą został inny z ukraińskich „wychowanków” niem. Sondergruppe Nachtigall i niem. Schutzmannschaftsbataillon 201, degenerat Wasyl Sydor ps. „Szełest”, który prawie natychmiast rozkazał „nieustannie uderzać w Polaków aż do wyniszczenia ich do ostatniego z tych ziem”. «Genocidium Atrox» rozpoczęło się w niem. Distrikt Galizien.

UNS/UPA nie miała zresztą wtedy nic innego do roboty, bowiem — jak potwierdza to nawet ukraińska Wikipedia — „podczas ostatnich miesięcy 1943 oddziały UNS nie prowadziły operacji zbrojnych w związku z wprowadzeniem 02.10.1943 przez Niemców w Galicji systemu [odpowiedzialności zbiorowej] egzekucji 10 zakładników za zabójstwa każdego żołnierza niemieckiego lub przedstawiciela władz”. Polacy nie uczestniczyli w strukturach niemieckiej okupacyjnej władzy. A Niemcy zachowywali się wobec ludobójczych aktów UNS/UPA pasywnie, nie podejmując w zasadzie większych operacji przeciw Ukraińcom.

W okolicy Podhajec rozkazy ludobójcy Sydora realizował jeszcze inny degenerat, dowódca Okręgu Wojskowego UPA WO‐3 „Łysonia”, Emilian (Omelian) Polowy ps. „Ostap”, o „ścieżce kariery” identycznej, jak jego przełożeni — i.e. przez niem. Sondergruppe Nachtigall i niem. Schutzmannschaftsbataillon 201, gdzie doświadczenia nabywali przy eksterminacji Żydów. Jeden z ukraińskich mieszkańców wioski Białokrynica, ok. 15 km od Bieniawy, po latach wspominał — po ucieczce na emigrację w Kanadzie — że „w połowie 1943 zaczęto tworzyć oddziały UPA [i.e. UNS]. Z nich sformowano sotnię z samych mieszkańców powiatu podhajeckiego […] W listopadzie–grudniu 1943 i styczniu 1944 [odbywali] szkolenie wojskowe na Wołyniu we wsi Dermań”, w tej samej miejscowości, w której OUN/UPA w 1943 wymordowała ok. 190 jej polskich mieszkańców.

Mordy Polaków rozpoczęły się już w ostatnim kwartale 1943, a nasiliły na początku 1944. I tak już 20.07.1943 w Zaturzynie, ok. 2 km na północ od Markowej, „Ukraińcy zamordowali Marię Nenycz”. W 12.1943, w Zastawczach ok. 6 km na północ od Markowej: „Była to sobota, ojciec [i.e. 31‐letni Michał Plaifer] pojechał wozem z dwoma chłopcami, Janem Koźlakiem, lat 15 i Franciszkiem Hertmanem, lat 15, saniami do lasu po drzewo. W lesie złapali ich banderowcy, ojcu kazali położyć się na saniach, nakryli go wojskową celtą, posiadali na nim i okładając go kolbami pojechali w głąb lasu. Po zatrzymaniu się tam rozpoczęli go torturować — wycięli mu obie łydki, a gdy krzyczał, obcięli mu język, następnie wydłubali mu oko, nacięli skórę wokół głowy i zdjęli ją z czaszki. Po tych torturach powiesili go na drzewie. Razem z ojcem, w podobny sposób, zginął Jan Koźlak […] Przez długi czas nikt nie miał odwagi zdjąć wiszące ciało. Po zdjęciu ojca stwierdzono również ślady noża na karku”. A w Zawadówce, ok. 2 km na południe „Na początku stycznia 1944 r. uprowadzono kobietę, Polkę”.

I to wówczas, pod koniec 1943, w okolice Czortkowa i Monasterzysk, przybył z Wołynia — gdzie brał udział w mordach Polaków — kureń UPA, i.e. batalion, dowodzony przez niejakiego Iwana Kłymyszyna ps. „Kruk”, wchodząc w skład WO‐3 „Łysonia”. I rozpoczął ludobójcze ataki na polskie wsie.

15.01.1944 któryś z jego oddziałów zaatakował parafialną Markową. Jeden ze świadków wspominał: „Miałam wtedy 12 lat. Mieszkaliśmy z mamą i babcią w Zawałowie… Pewnej mroźnej niedzieli idąc z mamą i babcią na mszę św. zobaczyłam grupę rozmawiających parafian. Kobiety płakały. Okazało się, że od nas w odległości około 6 km wsi Markowa banderowcy zamordowali […] księdza proboszcza. Polacy naradzali się czy pójść na pogrzeb, który miał się odbyć za trzy dni, czy byłoby to zbyt ryzykowne. Moja mama z babcią postanowiły pójść, ale nie chciały mnie zabrać ze sobą. W końcu dały się jednak przekonać i poszłyśmy wraz z niewielką grupą na pogrzeb do Markowej.

Pogrzeb odbywał się w dniu, w którym kościół obrządku wschodniego obchodził święto Chrztu Pańskiego, zwane Jordan. Weszłyśmy do domu pomordowanych. Pośrodku izby stał katafalk, na którym spoczywały trzy ofiary. Starszy mężczyzna leżał pośrodku, a po obu stronach dwaj młodzi. Był to ojciec i dwóch synów. Odrąbane siekierami głowy przyłożone były do tułowia. Na wapnem bielonych ścianach i na suficie widniały ślady krwi. Osierocone kobiety lamentowały.

Z kolei na plebanii w pokoju na katafalku spoczywały zwłoki proboszcza. Na czole miał wycięty krzyż, którego ramiona miały około 1 cm szerokości. W pokoju pełnym ludzi słychać było szloch. Jedna kobieta, może była to gospodyni księdza, mówiła do zebranych:. — «Ksiądz mógł żyć, gdyż ukraiński ksiądz posyłał trzy razy swojego diaka, prosząc, żeby koniecznie przyszedł do niego, gdyż grozi mu niebezpieczeństwo».

Niestety, prośba ta nie odniosła skutku. Za trzecim razem przekazał przez diaka:. — «Wieś cała jest otoczona. Proszę ratować swe życie. Przechowam księdza. U mnie będzie bezpieczny».

Ale proboszcz z Markowej odpowiedział:. — «Nie mogę opuścić moich parafian. Co ich czeka, to i mnie niech nie ominie».

I stało się tak, jak chciał. Podziękował ukraińskiemu księdzu o troskę o jego życie. Może nawet cierpiał bardziej niż pozostałe ofiary”.

Według różnych źródeł zostać zastrzelony w łóżku; otrzymał trzy kule rewolwerowe oraz cios siekierą, który odrąbać mu miał ok. 8 cm tkanki szyi; był porąbany siekierami i zadźgany nożami.

Razem podczas napadu ludobójcy ukraińscy zamordowali ok. 33‐57 Polaków. Wymieniona gospodyni — Ukrainka — została ranna.

Żydzi, ukrywani przez niego, przeżyli.

Owym greckokatolickim księdzem, który starał się pomóc, był ks. Michał Szczurowski.

12.10.2007 ludobójca Roman Szuchewycz został pośmiertnie nagrodzony tytułem Bohatera Ukrainy. 10.12.2017, w imieniu „Rady Koordynacyjnej ds. Upamiętnienia Odznaczonych Rycerzy OUN i UPA”, ludobójca Wasyl Sydor odznaczony został pośmiertnie we Lwowie Srebrnym Krzyżem Zasługi Wojskowej UPA I klasy (nr 009). Degenerat Emilian Polowy też miał 14.01.1945 otrzymać Brązowy Krzyż Zasługi Wojskowej UPA. W kilku miejscowościach owym łac. „hostis humani generis” wystawiono pomniki i tablice pamiątkowe, nazwano szkoły i ulice ich imieniem.

łac. „O Tempora! O mores!”