Policjanci ukraińscy z oddziałem esesmanów dokonali pacyfikacji wsi za pobyt sowieckich partyzantów gen. Sidora Kowpaka; żywcem spalili 378 Czechów i 26 Polaków oraz rozstrzelali 132 Ukraińców.

źródło: Żurek Stanisław, „75 rocznica ludobójstwa – lipiec 1943 rok”; w: portal: Wołyń — internet: wolyn.org [dostępny: 2021.02.04]

O godzinie 7 rano wojska niemieckie w sile około 1500 żołnierzy wkroczyło do Malina Ukraińskiego, następnie do kolonii Malin. Szybko otoczyli wsie i pod pozorem sprawdzania dokumentów wypędzali wszystkich z domów. Kto nie mógł iść bagnetami robili swoje zmuszając domowników do wyprowadzania chorych i niedołężnych na zewnątrz. Wszystkich kierowano do kościoła, miejscowej szkoły i stodół. Następnie budynki oblewano łatwopalną cieczą i podpalano. Kto próbował zbiec od razu był zabijany z automatów, strzelano jak do kaczek.
Jak wspomina Jaromira Nemcova Nicowa — Prezes Stowarzyszenia Wołyńskich Czechów, jeden z naocznych świadków zeznawał, że z płonącej stodoły wybiegła młoda dziewczyna wprost na Niemców, błagając ich o miłosierdzie. Hitlerowiec nadział ją na widły i wrzucił z powrotem do stodoły. „Oni zapewne musieli być mocno pijani, gdyż w przeciwnym razie człowiek nie zachowuje się gorzej od zwierząt”.
Niektórzy świadkowie sugerują, że Malin stał się ofiarą konfliktów etnicznych i nietolerancji. Inni sugerują, że poproszony o odpowiedź niemiecki dowódca pacyfikujący wieś, dlaczego Czeski Malin został zgładzony — odpowiedział: „Była to pożałowania godna pomyłka, gdyż pierwotnie miał być spalony tylko Malin Ukraiński za wspieranie partyzantów, gdyż tydzień przed masakrą okolice Malina zostały opanowane przez sowieckich partyzantów pod dowództwem Sydowa Kowpaka”.
Polscy historycy Władysław i Ewa Siemaszkowie są zgodni, że „pierwotnym celem ekspedycji karnej był Malin Ukraiński i jego ukraińscy mieszkańcy. Nie jest jednak jasne, dlaczego w trakcie pacyfikacji oprawcy przenieśli się do Malina Czeskiego”. Siemaszkowie przypuszczają, że uczestniczący w zbrodni ukraińscy policjanci, nie chcąc zabijać swoich rodaków, skierowali pacyfikację do Malina Czeskiego.

źródło: „73 rocznica zagłady wsi Czeski Malin na Wołyniu”; w: portal: Brzeg24.pl — internet: brzeg24.pl [dostępny: 2021.09.18]

Niemieckie jednostki wczesnym rankiem otoczyły Czeski Malin i Ukraiński Malin. Po wtargnięciu do wsi zgromadzono mieszkańców w ukraińskiej części. Kobiety, dzieci i starców zaprowadzono z powrotem do Czeskiego Malina, zamknięto ich w stodołach, a te podpalono. Mężczyzn zgromadzono wraz z ukraińskimi mieszkańcami w miejscowej cerkwi, szkole i innych budynkach, gdzie spalono ich żywcem bądź rozstrzelano. W pło– mieniach i salwach z broni maszynowej śmierć poniosło 372 Czechów (więcej niż w czeskich Lidicach), 132 Ukraińców i 26 Polaków. Z całej wsi ocalało zaledwie ok. 40 osób, które wybrano do przetransportowania zrabowanego bydła i innego dobytku z miejsca zbrodni. Pochodzenie sprawców masakry nie jest do końca znane. Wiadomo jedynie, że była to formacja SS z niedalekiej Ołyki.

źródło: Zítek Adam, „Czeska mniejszość na Wołyniu w latach okupacji niemieckiej (1941—1944)” — internet: cejsh.icm.edu.pl [dostępny: 2021.09.18]